El Museo de los Concilios y de la Cultura Visigoda fue creado por Decreto de 24 de abril de 1969 con la misión de exhibir en él los testimonios histórico-artísticos relativos a dicha cultura de cuyo reino fue capital, centro político, religioso y artístico la ciudad de Toledo. Por acuerdo con la Sede Primada de España, el museo se ubicó en la antigua Iglesia de San Román, dependiente de la parroquia de Santa Leocadia, que se cede en 1969 y que fue restaurada para su inauguración en 1971. Dependiente del Museo de Santa Cruz, en el año 2014, la Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha renovó el discurso museográfico.