Como sucederá con la iglesia de San Baudelio de Berlanga (Soria), los orígenes de la actual iglesia de San Millán de Suso se remontan a un espacio rupestre anexo, a un espacio cueviforme (cueva, gruta) habitado en su día por un solitario monje. Son los monasterios. Pero este espacio solitario, cueviforme, pronto aglutinó seguidores en torno a su figura en un protocenobio rupestre surgido en el tercer cuarto del siglo VI (Aemilianus o Millán fallece en el 574) se convertirá definitivamente el “monasterio” en “cenobio” (un espacio en el que el monje hace vida en común con otros monjes) a mediados del siglo X.