Esta iglesia fue descubierta en 1999 con motivo de los trabajos realizados tras la puesta en marcha un plan de ordenación urbanístico en el entorno del Castillo de Morón de la Frontera. La intervención arqueológica, realizada por R. Fernández Ruiz sacó a la luz los restos de una iglesia visigoda de la que tan sólo se conservaban una tercera parte de la misma, habiendo sido destruido en la década de los 60 del siglo XX el resto del edificio durante las obras de remodelación del espacio en el que se ubica la actual Iglesia de San Miguel.