Sito nell’attuale parco nazionale del Gargano, la storia dell’abitato di San Marco in Lamis si intreccia con quella del santuario, sorto a circa due chilometri dalla cittadina alle pendici del monte Celano probabilmente in epoca longobarda, tuttavia è certa la presenza di una chiesa e di un ospizio già dal V-VI secolo perché i pellegrini diretti verso la Grotta di Monte Sant’Angelo del Gargano trovavano in quest’area rifugio e ospitalità.